2016年1月1日，国家税务总局颁布的《企业所得税优惠政策事项办理办法》（国家税务总局2015年第76号公告，以下简称《办法》）正式执行。根据该《办法》规定，企业所得税优惠事项全部取消审批，一律实行备案管理方式。《办法》正面列示的55项优惠事项中，有24项需要填写《备案表》并附享受优惠政策的相关资质、证书和文件等，28项只需填写《备案表》，3项优惠全部以申报代替备案。企业所得税优惠事项全面改为备案管理之后，税务机关的工作重心从事前审批转向事后管理，对于企业优惠事项备案资料也只是形式审核，更强调由纳税人对备案资料的真实性、合法性承担法律责任。基于此，企业应该高度重视，防范相关税务风险。
处罚点一：
企业备查材料未留存
根据《办法》第十五条规定：企业留存备查资料的保存期限为享受优惠事项后10年。税法规定与会计处理存在差异的优惠事项，保存期限为该优惠事项有效期结束后10年。这完全符合税收征管法实施细则第二十九条“账簿、记账凭证、报表、完税凭证、发票、出口凭证以及其他有关涉税资料应当保存10年”的要求，同时又对存在税会差异的优惠事项的有效期做补充说明，体现了税收法规制定的严谨性。
例如，某企业2015年完工某生产用厂房，原值1000万元，根据企业所得税优惠事项备案管理目录（2015年版）第54项“固定资产加速折旧或一次性扣除”的规定，企业应当留存以下四项材料备查：企业属于重点行业、领域企业的说明材料；购进固定资产的发票、记账凭证等有关凭证、凭据（购入已使用过的固定资产，应提供已使用年限的相关说明）等资料；核算有关资产税法与会计差异的台账；省级税务机关规定的其他资料。
这些材料的保存期限应当从优惠事项有效期结束后开始计算。根据《中华人民共和国企业所得税法》实施条例第六十条规定，除国务院财政、税务主管部门规定外，房屋、建筑物计算折旧的最低年限为20年。由于加速折旧最低折旧年限不得低于规定折旧年限的60%，因此，该厂房最低折旧年限为12年，加速折旧优惠事项有效期为2015年～2027年。在这12年中，该项资产税法折旧额大于会计折旧额，企业依法享受所得税优惠，并每年填写《固定资产加速折旧（扣除）明细表》。优惠事项有效期结束后的10年，即2028年～2037年期间，企业都要留存保管备查资料。这样，企业留存备查材料最长可达22年。如果未按要求期限留存备查材料将受到处罚。
处罚点二：
备案手续办理不及时
企业办理所得税优惠备案手续，还应该注意时间期限。
企业已经享受税收优惠，但在汇缴期间未按照规定备案的，应在主动发现或税务机关发现并责令整改后，及时补办备案手续，同时提交《目录》列示优惠事项对应的留存备查资料。税务机关审核企业相关资料后，认定企业不符合税收优惠政策条件的，将按照税收征管法相关规定处罚。根据征管法第六十二条规定，纳税人未按照规定的期限办理纳税申报和报送纳税资料的，由税务机关责令限期改正，可以处2000元以下的罚款；情节严重的，可以处2000元以上1万元以下的罚款。值得注意的是，征管法在这里用“可以”的描述，而非“应当”，这赋予了税务机关自由裁量权，即可以根据实际情况酌情处理。在实际工作中，基层税务机关一般先用责令限改处理，发送“责令限改通知书”，处2000元以下罚款，如果超过责令限改期限还未更正的，处2000元以上1万元以下罚款。
处罚点三：
备案材料弄虚作假
根据《办法》第二十条规定，税务机关后续管理中，发现企业已享受的税收优惠不符合税法规定条件的，应当责令其停止享受优惠，追缴税款及滞纳金。如果发现纳税人存在弄虚作假的行为，将追缴减免的税款，按日征收滞纳金，同时按征管法相关规定处理。例如，伪造残疾人证书，伪造资源综合利用证书等主观恶意行为，都将会受到处罚。
征管法第三十二条规定，纳税人未按规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。同时征管法第六十三条规定，纳税人伪造、变造、隐蔽、擅自销毁账簿、记账凭证，或者在账簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，由税务机关追缴其不缴或者少缴纳的税金，并处补缴或者少缴税款50%以上5倍以下罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
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